平台升级 | 希望组HiFi产能扩大50%,交付快人一步!

为满足市场需求,给客户带来更高效更经济的服务,2022年4月22日希望组再次引进PacBio公司的最新Sequel IIe测序平台,HiFi产能扩大50%,目前,希望组已经累计构建PacBio Sequel/Sequel I I/IIe达12台。测序平台产能瓶颈解除之后,希望组将持续助力更多的动植物基因组完成图、三代群体重测序研究以及医学诊断等领域的研究与应用。

Sequel IIe真容

相较于以往Sequel II机型,Sequel IIe测序仪在测序原理上并无差别,但在硬件和软件上进行了一些改进和优化,用户可在Sequel IIe系统上直接获得高品质的HiFi 测序数据,总体上能够缩短用户近70%的下游分析时间,同时能够减少近90%的数据传送时间及节约相应的存储空间。与此同时,基于Sequel IIe测序仪的Read population可视化优化后可直接看到reads在长度和准确度上的空间分布情况及subread passes数对最终reads质量的影响情况,更快一步看到样本测序初步质量。

既快又好,希望组的HiFi测序数据质量及相应基因组组装结果是这样的!

1. 高产保质的HiFi测序

HiFi数据量和长度统计

近半个月来,希望组承接的40个HiFi测序项目中,除去个别特殊处理样本,每个cell的HiFi数据产出量均达25G以上!并且统计结果显示,产出数据的N50长度均能达到15kb左右,部分样本甚至可达20kb!

2. 快速高效的HiFi基因组组装

HiFi基因组组装统计

近期希望组完成的HiFi基因组组装案例,覆盖了真菌及各种大小型动植物,且组装的各项指标均达到预期!对最终组装结果进行BUSCO评估,用以评估基因组组装、基因集和转录本的准确性和完整性,各项目的BUSCO评估结果显示Complete BUSCOs 比例均达95%以上,相关基因组组装的完整性非常高!

3. HiFi宏基因组组装——HiFi测序应用的另一块高地

目前宏基因组测序方式主要是短读长的二代测序和长读长的三代测序。二代测序获得的宏基因组组装由于测序读长的限制,分析结果往往出现基因信息不完整、种群分类分辨率偏低、只能到属水平、组装连续性小等不理想状况。新升级的Pacbio Sequel II及Sequel IIe HiFi reads,兼顾长读长和高精准度,完全可以解决以上问题,通过长且准的测序方式提升组装完整性和连续性。HiFi宏基因组,在保证准确度和组装质量的前提下,提升了组装速度,为后续深入分析研究奠定基础。目前希望组正在基于华为云平台开发自动化分析流程,将进一步缩短分析流程,加快项目周期,为科研工作者和分析人员提供更便捷精准的平台,敬请期待!

0 回复

发表评论

想参加讨论吗?
请尽情讨论吧!

发表评论

邮箱地址不会被公开。 必填项已用*标注