• 全外显子组测序

    有效鉴定与疾病相关的编码区变异

WES简介

外显子是真核生物基因的一部分,可以编码蛋白质。WES是指利用序列捕获技术对全基因组外显子区域捕获并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。近年来, WES凭借其兼顾全面性、有效性和极高性价比的技术特点,在遗传疾病研究、基础科研、临床诊断和健康筛查等多方向应用越来越广泛,成为目前最主流的检测技术之一。

技术优势

  • 全面:可一次性精准检测人类基因组中20000多个基因180000个外显子的致病变异位点
  • 高准确度:平均测序深度可达100 X以上,可有效检出致病基因变异,甚至包括低频变异
  • 高阳性率:阳性检出率高于基因panel检测和其它基因检测项目,若结合MLPA、片段分析、线粒体检测等可进一步提高检出率
  • 高性价比:与WGS相比,测序深度更深,对目标区域的覆盖度更高,检测更经济、更高效

临床流程

样本类型

样本类型 样本要求 运输条件
外周血 ≥3ml 4℃低温运输
DNA 总量>3μg 4℃低温运输

案例分享

案例1

临床信息

反复发作性意识丧失 2 年余。出生后 9 个月(2015)第一次发作,因发热出现意识丧失、眼睛向右偏斜、头颈强直且轻微偏斜、四肢强直、抽搐等癫痫症状,约 6-7 分钟后缓解。至 2016 年 12月,共计发作 5 次,每次发作形式类似。精神、运动、智力发育明显晚于同龄儿。其姐(现 9 岁)有癫痫病史,出生后 6 个月第一次发作,数月或半年发作一次,症状类似。父亲幼时有高热惊厥史,母亲正常。

检测结果

序号 基因名 转录本 染色体位置 核苷酸改变 氨基酸改变 纯杂合 普通人群频率 来源 变异类型
1 HCN1 NM_021072 Chr5:45396623 c.1201G>C p.401D>H 杂合 0 父亲 Pathogenic

结果说明

HCN1基因是常染色体显性遗传的早期婴儿癫痫性脑病 24 型(OMIM :615871,Epileptic encephalopathy, early infantile, 24)的致病基因。在本次检测中,我们检测到受检者 1 个杂合的错义变异位点,受检者父亲、姐姐同样携带该变异位点。对于常染色体显性遗传疾病来说,单个致病性变异即可导致疾病发生。疾病的最终确诊还需结合进一步的临床检查和家系调查。

一代验证结果

序号 基因名 转录本 染色体位置 核苷酸改变 氨基酸改变 受检者 受检者父亲 受检者母亲 受检者姐姐
1 HCN1 NM_021072 Chr5:45396623 c.1201G>C p.401D>H 杂合 杂合 无变异 杂合

案例2

临床信息耳聋。

检测结果:

序号 基因名 转录本 染色体位置 核苷酸改变 氨基酸改变 纯杂合 普通人群频率 来源 变异类型
1 GJB2 NM_004004 chr13:20763486 c.235delC p.L79fs 纯合 0.0079 父亲和母亲 Pathogenic

 

结果说明:

GJB2基因是常染色体隐性耳聋1A 型(OMIM:220290 DEAFNESS, AUTOSOMAL RECESSIVE 1A)和常染色体显性耳聋3A 型的致病基因。在本次检测中,我们检测到受检者1个移码变异(父源和母源)。对于常染色体显性遗传的疾病来说,单个致病性变异即可导致疾病发生。对于常染色体隐性遗传的疾病来说,单个致病性变异的携带者并不会发展为患者,只有纯合致病性变异和复合杂合型致病性变异(反式)才会导致疾病的发生。若父母均为携带者,每次生育的子女均有25%的可能为患者。疾病的最终确诊还需结合进一步的临床检查和家系调查。

 

一代验证结果

序号 基因名 转录本 染色体位置 核苷酸改变 氨基酸改变 受检者 受检者父亲 受检者母亲
1 GJB2 NM_004004 chr13:20763486 c.235delC p.L79fs 纯合变异 杂合变异 杂合变异

案例3

临床信息双膝关节内翻,生长迟缓,1 岁在当地医院体检发现偏矮。走路后发现膝关节内翻,步态异常。易疲累家长自觉智力正常,摇摆步态,膝内翻,膝间距10cm,下雨天会膝关节疼,重点关注:先天性软骨骨疣;股骭骺端相关基因:FGFR3LMNAWISP3MMP9 等。

检测结果:

序号 基因名 转录本 染色体位置 核苷酸改变 氨基酸改变 纯杂合 普通人群频率 来源 变异类型
1 KIF22 NM_007317 chr16:29809965 c.446G>A p.149R>Q 杂合 0 新发 Pathogenic

 

结果说明:

KIF22基因是已知的常染色体显性遗传2 型脊椎干骺端发育不良并关节松脱;SMDJL2(OMIM:#603546 Spondyloepimetaphyseal dysplasia with joint laxity, type 2)的致病基因。在本次检测中,我们检测到受检者1 个新发的错义变异位点。对于常染色体显性遗传疾病来说,单个致病性变异即可导致疾病的发生。疾病的最终确诊还需结合进一步的临床检查和家系调查。

 一代验证结果

序号 基因名 转录本 染色体位置 核苷酸改变 氨基酸改变 受检者 受检者姐姐 受检者父亲 受检者母亲
1 KIF22 NM_007317 chr16:29809965 c.446G>A p.149R>Q 杂合变异 无变异 无变异 无变异