基于NGS的全外显子组检测(WES)和全基因组检测(WGS)因通量高、性价比高等优势,已成为疾病检测的主流临床方法,但这些技术仅仅完成了基因数据的采集,如何从海量基因大数据中精准定位致病突变是精准医学更为关注的焦点。

GrandBox®是由国际权威人类基因组大数据注释团队开发的一款桌面式基因分析工作站,旨在打通从临床表型、变异信息到基因分析报告的信息壁垒。如今医学实验室可本地化安装,以可视化、按键式的简单操作加速了基因组大数据的分析,快速实现了从“海量基因组大数据”到“致病变异位点”的精准挖掘,同时实现了基因组大数据的安全保存、管理及共享。

表型的标准化录入及管理

一份准确可信的报告始于详尽标准的表型信息

GrandBox®简洁、 方便、 高效的样本管理系统:

  • 集成中文人类表型标准术语(CHPO),帮助临床用户准确地录入表型信息
  • 提供表型分析功能,根据录入的标准表型可精确匹配相关的基因或潜在的疾病
  • 整合多种数据库,方便查询疾病中英文名称、遗传方式等内容
  • 拍照保存,可实时保存和查看疾病样本信息和数据

致病变异的精准定位

精准医学的核心

规范权威的数据质控

GrandBox®从原始数据、全外显子、特定基因、单个外显子、具体变异位点五个水平对数据进行全面的、严格的质控,涵盖了原始测序的数据量、Q30、GC%、WES、基因、单个外显子(包括不同转录本)的平均深度、不同水平覆盖度、印记基因标识、假基因统计等多个方面,同时针对每个参数给出阈值作为参考规范,最大程度排除区域覆盖度、假基因干扰、遗传印记等因素对最终检测结果准确性的影响。

标准化的基础生物信息分析

标准的基础分析包括原始数据的处理、比对、去重复以及变异检测和注释。目前,不同的检测方法,由于使用的软件和参数存在差别,导致检测结果存在一定差异,InDels的差别尤其明显。公司引进国际权威实验室标准变异检测流程规范,研发了升级的注释软件GrandAnno,并且将其整合进GrandBox®,从而最大程度保证了生物信息分析的标准化。

数据分析模块完整性

导致假阴性结果的一个重要原因是基于WES数据的分析不够深入和全面,一些分析模块会被漏掉。

  • GrandBox®提供了GrandCNV模块,该模块整合修改了WES CNV分析权威软件的算法和功能,并对市面上流行的不同检测平台包括Agilent、MedExome、NimbleGen、IDT等进行了针对性的数据训练和优化
  • GrandBox®将剪接区域反馈从经典的±2bp扩大至±10bp,进一步提高了检测能力
  • GrandBox®针对线粒体基因组开发了专门的分析和注释流
  • GrandBox®提供Trio家系分析模块

基于表型的候选基因的深度挖掘

深度的表型分析有可能促使分析人员选择合适的检测技术对WES数据进行补充检测,提高检出率,解决未诊断患者的病因问题。

GrandBox®整合了OMIM、CHPO并打通了与基因的关联信息,同时整合了GnomAD、1000G、ExAC等普通人群频率,SIFT、Polyphen2、M-Cap、dbscSNV、GWAS等十几种生信预测软件,Clinvar等致病性报道位点以及Gene信息等,构建了本地医学大数据库。在此基础上,GrandBox®开发出表型分析检索算法,集成表型分析功能,帮助用户根据表型信息快速检索表型(疾病)相关候选基因,加速新疾病候选基因定位。

疑难杂症的新致病基因的发现

未确诊疾病的候选基因的分析可以推动新的致病基因的发现,这种分析不但有利于基础科研的进步,同时对于加快遗传病的临床检测具有较大的实际意义。

GrandBox®整合了高效、高准确表型分析算法,该算法基于机器学习训练的海量文献及临床表型信息,针对受检者模糊或复杂的临床表型,结合受检者临床基因型信息,准确的分析相关疾病基因。

阴性结果数据的再分析

技术的进步大大加快了新的致病基因及变异的发现,目前每年新发现的致病基因大概有250个左右,疾病相关变异大概有9200个,因此对过去判读为阴性结论的受检者是否进行重新分析至关重要,极大的提高检出率。

GrandBox®不定期更新底层核心数据库(如新发现的疾病相关基因、新提交的致病性变异等),并实时更新分析结果,用户共享更新可随时回顾以进行数据质量评估、阳性报告核实、疑似阳性报告校对、阴性报告再分析;另外,针对积累的分析数据,GrandBox®将协助用户构建本地变异数据数据库,随时在结果中调取其他样本的变异情况,为最终报告提供更多证据。同时基于统一质控标准的结果,实现本地数据库的授权自愿共享。

报告解读与遗传咨询的好助手

GrandBox®作为医学级基因分析工作站,将孟德尔疾病诊断过程中从数据质控分析到报告解读全部流程可视化,并在每个环节提供详尽的参考知识库,同时Grandbox®按照美国ACMG 2015版指南规范,对每个变异进行了智能证据定级,为遗传咨询师提供参考,并收录百种可治性罕见病相关治疗建议,有效降低操作和分析人员的知识和技术门槛。

FAQ

用户是否享有所有数据信息?

GrandBox®除了提供致病基因及潜在变异的智能提示外,还会对用户开放所有原始数据、中间结果、质控结果,并提供便捷易用的查看、筛选交互。

数据的安全性如何保证?

GrandBox®针对不同用户设置不同权限,并且采用局域网访问模式,最大限度的保证了用户数据的安全性。

能否本地化安装GrandBox®?

临床实验室可本地化安装,以可视化、按键式的简单操作解读、保存、共享并管理基因组大数据,且可一键化生成标准报告。