Next系列软件应用 | 世界首个草莓T2T，NextDenovo完成图必备工具

二倍体森林草莓Fragaria vesca（2n=14）原产于欧洲和亚洲，由于其植株较小、杂合度低以及容易遗传转化被当作草莓研究的模式物种。2011年早期发布了F.vesca cv.‘Hawaii 4’的基因组序列草图（v1.0），2018年报道了基于PacBio测序和光学图谱的染色体水平组装。然而，目前F.vesca基因组仍然没有达到完整的T2T水平，表明其基因组质量有继续提升的空间。

本研究使用ONT和PacBio HiFi测序组装了一个高质量的T2T F.vesca基因组，填补了目前可用参考基因组中的所有剩余空白，并构建了染色体核型演化模型，探究了八倍体草莓的祖先二倍体。

本研究对二倍体草莓测序产生的约32.67 Gb的ONT超长测序reads、27.31 Gb的PacBio HiFi reads和32.10 Gb的Illumina reads以及44.56Gb的Hi-C数据进行基因组组装。使用NextDenovo软件对ONT数据进行组装(https://github.com/Nextomics/NextDenovo)，使用NextPolish（1.4.1版本）软件对其进行纠错。

NextDenovo/NextPolish软件是由希望组自主研发的三代测序基因组组装工具，在极大减少计算资源和运行时间的情况下，仍然能够组装出高质量基因组，具有高纠错、高效组装、高准确度的优势，已帮助众多科研人员进行基因组的组装以及文章的发表。

图1 F.vesca的全基因组组装

最终组装得到的无gap基因组大小为220.8Mb，Contig N50达到了34.34Mb，BUSCO值为98.8%，注释到了36173个蛋白质编码基因，其中1153个为新注释的基因，鉴定到7条染色体上所有14个端粒和7个着丝粒。系统发育分析表明，F.vesca和F.viridis是栽培的八倍体草莓F.×ananassa的祖先，而F. iinumae和F. nipponica与其亲缘关系较远。

图2 Fragaria vesca对栽培八倍体草莓的贡献

综上，这一高质量无gap的T2T F.vesca基因组，结合对栽培草莓起源的系统发育推断，提供了对Fragaria基因组进化的深入了解，并促进了草莓遗传学和分子育种的发展。