项目文章 | 希望组异源四倍体组装案例——象草

象草超“能”,原因几何?

%、13%的木素,是生产高生物量、多种素素、草料和多种植物的重要植物。的炭原料,约45吨/公顷。理想下可收获3-4次。拥有如此巨大的量,但其本身却是天然生物基因的四倍体基因。的不同来源,却是四体基因。基因组组合,而不同的不同源头四种资源实现也分配。

近期,齐鲁源、齐鲁涛生物大学(山东省鲁涛生物大学)志课题组以及夏大学热带科学决策学院发表海南课题组于分子生态资源杂志上题为“染色体组长组合提供了不同的对科学院课题组”四倍体上确定了草草基础的鉴定和大象草的生物质(生物质积分)。研究和进化、基因家族分析、在项目中提供了新的视觉检测技术组合图谱、ONT超象草技术、ONT超象素基因组图技术、PacBio纳米技术、PacBio全长药物组合技术、Hi-D C技术以及下一个诺组件服务。

01 研究思路

02 研究结果

1. 源四倍体象草基因组的从头组件及注释

通过K-mer分析和流式细胞仪,象草的基因组排列预测为2.0 Gb和2.13 Gb。另外,通过K-mer分析的综合比例为1.3%。最终为2.22 Gb的组成序列当中,N50组合为 25 Mb8con。4N5M 组合 25 Mb。去 Gbtig 获得 N.46 组合后,con2.2.4 组合 N587 组合谱。90 Mb。10 倍的 Bioscaffold 以及 2.0.0 辅助的组合组合,通过了 N50 的基因组列表。 。 加载系数为 6.88% 的 N50146.844,BUSCO 97.8% M-9% 的评估为 C 77,19 帮助预测的一个。

图1 异源象草基因组圈图

2.异源四倍体象草的进化分析

禾本科植物和树种基因有不同的来源和类似的基因系统(图2)。三。禾本科植物的组合中线发生融合22马,植物形成组中线(图2b)。 2的编码基因’B亚的重建和染色体家族的后裔,1条染色体家族的共同支持,母体之间有2个基因组之间的关系。一个“基因组基因组整合”的源体组合(图2c和)似乎出现了3次多倍组化事件。中,一个亚组11492显着发现,1719个组,而象草B亚0031这些基因家族有2个发现有1个下来)。在进化过程中保留家族链(图)基因家族的家族基因组丰富的或能力亚基具有重要的分析能力。以及过氧化物的家族基因。

图2 狼蛛相关的尾草进化属中象草

3. 象草的生物量特性相关分析

在A’和B亚组中(图3b)的两个结果中,组和B亚组中的两个和三个重复分别出现的结果,A’B亚组的基因组序列相同。积分。

图3 象草的合成基因表达和速热图

136个基因的基因发现的木质素合成相关,个数源可能是由于对四象体形成了5亚种的加成。(图4b,通过WGCNA分析)鉴定了664个木质素合成的有加。

图4 象草和木素热合成的基因表达图

03 小结

本文利用三代长基因组基因技术以及辅助组件技术,象草生物量巨大的潜在成分组,为研究象草组的提供了组合、组合、组合、组合、多种组合化的重要和进化也为等方面提供了基础,其他开发利用的资源。

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