方案策略
RNA样本量 | 建库策略 | 测序策略 |
总量 ≥ 2 μg | Illumina PE150普通文库;或 MGI PE150 普通文库 | 推荐数据量 ≥ 6Gb |
分析内容
有参转录组 | 无参转录组 |
1、数据质控 2、与参考基因组比对 3、可变剪切分析 4、变异检测 5、新转录本预测 6、基因结构优化 7、基因表达水平分析 8、基因差异表达分析 9、差异基因功能富集分析 | 1、数据质控 2、转录本组装 3、Unigene功能注释 4、CDS预测 5、SSR注释 6、基因表达水平分析 7、基因差异表达分析 8、差异基因功能富集分析 |
案例解析
案例分析
案例解析
二代转录组测序揭示巨木贼的进化历程
研究背景
丹巨木贼是最古老的蕨类植物之一,经过漫长而神秘的进化过程,巨木贼基因组共有107条染色体,并依旧保留着许多古老生物的特征。然而,有关巨木贼进化中的多倍体机制研究却十分有限,全基因组复制事件(WGD)对进化所产生的影响仍然处于争论之中。本文通过对巨木贼进行转录组测序,深入分析了WGD在巨木贼进化过程中扮演的角色。
研究方法
- 取巨木贼的茎、叶、孢子叶球混合组织提取RNA进行illumina测序,共220M reads(PE40),用Oases软件进行de novo转录组组装;
- 构建巨木贼的Ks age distribution检测复制事件;
- 对全基因组复制事件产生的同源基因(homoeologous genes)进行功能富集分析。
研究结果
- 共组装出3.4万条转录本,平均长度1251bp。
- 巨木贼只经历了一次多倍体事件。
- 全基因组复制事件增强了巨木贼的适应性。
参考文献:
Vanneste et al. (2015) Horsetails Are Ancient Polyploids: Evidence from Equisetum giganteum. Plant Cell.