Nanopore DMD全长检测

方法介绍：

DMD 基因全长三代 Panel 检测：基于三代测序的定制化全长基因 panel 检测 Duchenne 型肌营养不良突变谱

DMD 基因是已知的 X 染色体隐性遗传的杜氏肌营养不良症（OMIM：310200，Duchenne muscular dystrophy）、贝氏肌营养不良（OMIM：300376，Becker muscular dystrophy）和 X 染色体遗传的扩张型心肌病 3B 型（OMIM：302045， Cardiomyopathy, dilated, 3B）的致病基因。

杜氏肌营养不良症（DMD）是发病率排名第一的神经肌肉疾病，在活产男婴中的发病率为 1/6291 ～ 1/3802。典型临床症状为动作笨拙，易跌倒，登楼梯或由坐、卧位起立困难，行走时呈特殊的鸭步；患者双侧腓肠肌逐渐呈假性肥大，腱反射减弱或消失。病情往往进展迅速，患者一般在 12 岁左右即需要依靠轮椅生活。呼吸系统并发症和进行性心肌病是 DMD 主要的致死因素。贝氏肌营养不良症（BMD）发病年龄比 DMD 更晚，在儿童期至成人期发病不等，表现为晚发型的骨骼肌无力和心力衰竭，后者是 BMD 患者最为常见的死因。

已知的 DMD 基因致病变异中，基因片段重复或缺失导致占比 65-80%，点突变占比 20%-35%，此外倒位等复杂结构变异也可能导致疾病，因此对结构变异的精确检测尤其重要。DMD 基因导致的肌营养不良症在男性患者中为完全外显，女性杂合携带者一般不发病， DMD 基因致病变异纯合子女性患者非常罕见，但亦有文献报道。

DMD 基因定位于 Xp21.2-p21.1 区域，是目前已知的人类最大的基因，全长约 2.4 Mb，包含 79 个外显子和 78 个内含子。

项目优势：

目前，基于外显子捕获和高通量测序技术的 DMD/BMD 基因诊断产品已基本成熟；但二代测序技术存在读长短、对基因组覆盖不均匀等局限，对 SNVs 和 InDels 检测尚可，对复杂结构变异的检测无能为力。第三代测序技术，凭借长读长、无PCR、无 GC 偏好性等优势，弥补了传统测序技术对结构变异检测的不足，为解析 DMD 致病机理提供了更有力的支持，为更多的患者带来了新的希望。

北京希望组基于长读长测序技术技术开发了 DMD 精准检测方案，根据 DMD 基因的完整序列设计并合成了捕获探针，通过杂交捕获技术对 DMD 基因相关致病突变序列进行富集，然后利用三代测序仪（比如，Pacbio 公司的 sequel 或 Oxford Nanopore 公司的 PromethION）进行长片段序列测定，不仅可以准确检测 SNVs 和 InDels(≤50bp)，还可以精准检测缺失、重复、倒位、易位等结构变异（＞50bp），进一步提高 DMD 的检出率，全方位满足 DMD 的精准基因检测。

样本要求：

参考文献：

[1]  Muscular Dystrophy: Hope Through Research”. NINDS. March 4, 2016. Archived from the original on 30 September 2016. Retrieved 12 September 2016.

[2]  Darras BT, Urion DK, Ghosh PS. Dystrophinopathies. 2000 Sep 5 [Updated 2018 Apr 26]. In: Adam MP, Ardinger HH, Pagon RA, et al, editors. GeneRe-views® [Internet]. Seattle (WA): University of Washington, Seattle; 1993-2018. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1119/.

[3] Fujii K, Minami N, Hayashi Y, Nishino I, Nonaka I, Tanabe Y, Takanashi J, Kohno Y. 2009. Homozygous female Becker muscular dystrophy. Am J Med Genet Part A 149A:1052‒1055.

[4] Quan F, Janas J, Toth-Fejel S, Johnson DB, Wolford JK, Popovich BW. Uniparental disomy of the entire X chromosome in a female with Duchenne muscular dystrophy. Am J Hum Genet. 1997;60(1):160-5.