引进Sequel测序平台,未来组继续领跑三代测序服务市场

武汉未来组今天正式宣布引进最新的美国三代测序平台Sequel,借助于独家开发的基于“天河二号”平台的三代测序基因组组装流程,未来组即将提供“一周一个动植物基因组”的特色服务。

2016年1月21日,三代测序服务公司武汉未来组与美国PacBio公司在中国的独家代理商基因公司顺利签约引进了Sequel测序仪。根据协议,未来组将引进至少3台最新的PacBio公司的三代测序平台Sequel,以满足呈指数增长的三代测序服务需求,从而继续领跑中国三代测序服务市场。这是未来组在采用“天河二号”超级计算机,顺利解决高度复杂动植物基因组组装问题之后,又一次进行技术平台的升级,以实现未来组构建中国有影响力的三代测序平台的战略目标。

本次引进的三代测序平台,包含3台Sequel测序仪及其附属配套仪器与软硬件,将部署在武汉光谷生物城的未来组生产研发中心,面积超过1000平方米,采用10万级洁净实验室,以确保生产过程中达到最高的环境标准,从而确保最高的测序质量。

与PacBio RS II平台相比,Sequel测序平台虽然体积只有约1/3,测序通量却提高了7倍。目前每台测序仪的通量超过8000Gb/年,相当于每年大约可以完成100个动植物基因组的测序(按1Gb估算)。目前,武汉未来组已经开始接受新测序平台的服务预定,在优先保证老客户使用的前提下,公司还将优先支持高度复杂的动植物基因组项目、人类基因组测序项目、复杂微生物组测序项目等领域。同时,该Sequel测序平台也将提供给兄弟公司北京希望组用于精准医疗方面的前瞻性科学研究,成为将三代测序用于医疗健康领域的机构。

关于第三代测序技术

第三代测序技术也称为单分子实时测序技术。美国Pacific Biosciences公司是目前正式商业化的第三代测序仪厂商,已在很大范围内为多个基因组学中心提供PacBio RS II测序仪,并于2015年10月推出新产品Sequel测序仪。PacBio测序具有超长读长(平均读长10-15Kb,最长读长可超过40Kb)、无PCR扩增偏差的单分子测序、直接分析碱基修饰等技术优势,已经快速应用于基因组de novo组装、转录组学研究等领域,随着性价比的不断提高,第三代测序技术将在未来的2-3年内快速普及。

武汉未来组助阵2015 PAG ASIA 新一代大基因组组装策略反响热烈

2015年7月13~15日,亚洲动植物基因组大会(Plant and Animal Genome Asia 2015)在新加坡举行,这是PAG在亚洲的第三届大会,邀请亚太各国的三十多位动植物基因组学权威学者向约300名与会者介绍了各自的最新进展。与此同时,会议主办方还邀请了数位来自欧美相关领域的特邀嘉宾参与学术交流。

作为中国首家提供三代测序服务的公司,未来组以赞助合作方的身份在此次基因组学盛会中向现场的国内外学者展示了自己的研发成果,包括基于PacBio平台的大基因组组装、全长转录组分析等研究策略, 未来组的生信分析团队还与各国学者深入探讨了PacBio技术在组学研究中的具体思路,引起现场热烈反响。

无独有偶,许多与会主讲人都在自己的报告中展示了PacBio数据分析如何提升基因组组装指标,并与过去传统的第二代高通量测序数据进行比较,充分证明了第三代单分子测序技术的巨大潜力。随着PacBio测序耗材的不断升级,测序读长更长,产量更高,大基因组de novo组装已经进入新阶段,甚至连过去已经发布的许多物种基因组参考序列都获得了进一步完善,为未来的功能基因研究、遗传育种应用等后续研究打下坚实基础。未来组不但在国内率先将PacBio技术应用于组学研究,更在过去的三年多时间内积累了大量实践经验,成为基于第三代测序技术之基因组学研究的首选合作伙伴。

未来组全国学术巡讲开始啦!

1980年,噬菌体Φ-X174(5,368bp)完全测序,成为第一个测定的基因组,开启了基因组学时代。

1990年宣布开启2001年宣布完成的 “人类基因组计划”(1990-2001)推动着基因组学研究进入了21世纪。

之后的2005年,454公司推出了全球首台高通量测序平台Genome Sequencer 20 System,是继Sanger第一代测序之后的第二代测序技术。ABI紧随其后于2007年推出了其第二测序平台SOLID。

如今NGS测序市场一家独大的Illmina公司也在07年收购Solex,在Solex的GA平台的基础改进推出了大名鼎鼎的Hiseq系列平台,这一系列在之后的几年里也是屡添新丁,比如Hiseq2500、Hiseq3000、Next500/550、Miseq,还有如今炙手可热的Hiseq X10 & Hiseq 4000 ,这些新平台在测序读取长度、运行通量等方面较最初的Hiseq2000均有着较大的改善。

DNA测序技术在21世纪呈现出了快速更新模式,在这种模式的带动下,基因组学进入了一个高速发展的阶段,各个物种的基因组序列图谱也井喷式的出现在了各类数据库中,如图1所示。

图1 The Development Trend From NCBI

这些基因组的组装大多是基于传统的第二代测序平台,组装质量显得并不是那么令人满意,我们对NCBI收录的800多种动植物基因组图谱的ContigN50进行过一个统计,如图2所示,绝大部分的基因组组装ContigN50在200K以下。

Yandell 等人在12年Nature Reviews Genetics 的一篇研究中也指出了已发表基因组的 “外显子-内含子”注释中存在准确率不高的问题。

未来组生物获得高新技术企业认证书

近日,武汉未来组生物科技有限公司收到由湖北省科学技术厅、湖北省财政厅、湖北省国家税务局、湖北省地方税务局联合颁发的《高新技术企业认证书》 ,认定武汉未来组生物科技有限公司为高新技术企业,发证时间:2014年10月14日,有效期3年。高新技术企业是发展高新技术产业的重要基础,是调整产业结构、提高国家竞争力的生力军,在我国经济发展中占有十分重要的战略地位。

武汉未来组生物科技有限公司是一家从事第三代基因测序的数据分析公司,作为国内首家提供第三代基因测分析服务的公司,未来组生物已经积累了大量的三代测序项目经验,这些第三代测序项目涵盖了动植物基因组、微生物基因组、转录组等多个组学研究领域。未来组参与完成的杜仲基因组项目,使用了第三代测序技术,该项目新闻发布会也于2014年11月下旬在北京成功召开,成果得到了行业内的充分肯定。这次《高新技术企业认证书》的获得也是政府各级部门对武汉未来组生物科技有限公司在这一领域所发挥出的推动作用的肯定。未来,未来组生物将继续秉承“新技术、心服务”的企业精神,紧跟科技前沿,创新组学研究思路,希望能为广大科研工作者提供最高效的组学解决方案。

未来组发起“万种细菌基因组完成图计划”

细菌基因组完成图在研究病原菌的致病性与疾病的预防和治疗方面,鉴定致病相关基因、开发和研究药物,疫苗、开发新型抗生素等方面具有非常重要的应用,并且它在研究细菌进化,生理和生态多样性,种内进化关系也有非常明显的优势。另外,与表观遗传学调控和DNA损伤相关的DNA碱基修饰(如甲基化)在多个生物进程中扮演了重要角色,包括生长和衰老、免疫、细菌致病性以及疾病发展。

第三代测序技术( PacBio RS II平台) 因其超长读长、极小的GC偏向性,能够快速、准确的实现细菌基因组完成图的组装,更加准确的检测结构变异,同时还能检测出全基因组、单碱基水平的表观修改信息。与一代测序、二代测序技术相比较,三代测序技术具备明显的优势,已经成为了细菌基因组、表观基因组研究的“金标准”。

未来组生物作为中国首家第三代测序服务公司,在利用三代测序技术在细菌基因组、表观基因组领域,积累了丰富的经验,构建了强大的技术团队,部分成果即将在国际一流的杂志上发表。

未来组应邀将参加 “2014年中国微生物学会学术年会”,该大会由中国微生物学会主办,哈尔滨工业大学和黑龙江省微生物学会共同承办,于2014年8月15-19日在黑龙江省哈尔滨市举行,本次大会的主题为“微生物与生态文明”,未来组很荣幸收到主办方的参会邀请。

在该会议上,我们将发起“万种细菌基因组完成图计划”,我们计划在3-5年内,绘制完成万种细菌基因组的完成图及表观修饰图谱。这个宏伟的前瞻性计划,期待您的加入!对于会议现场签约的客户,我们将有巨大的优惠活动,期待您的参与!