署名文章 | “唐尧”基因组:高占成教授团队构建从端粒到端粒中国汉族人全基因组

端粒到端粒(T2T)联盟组装的参考基因组T2T-CHM13,是有史以来第一个具有卓越质量的完整单倍体人类基因组。但基因组计划发展到现在,仍没有中国人自己的高质量参考基因组。

日前,北京大学人民医院高占成教授研究团队、中国科学院北京基因组研究所康禹教授研究团队在Genomics, Proteomics & Bioinformatics《基因组蛋白质组与生物信息学报》杂志发表题为“T2T-YAO: A Telomere-to-telomere Assembled Diploid Reference Genome for Han Chinese”的研究成果,首次在世界范围内成功完成从端粒到端粒的中国人全基因组,获得包括Y染色体在内的高质量真实人类二倍体、完整无间隙的全基因组参考序列(44+XY)——“唐尧”基因组,其DNA序列具有明确的汉族中国人遗传特征,构建质量达到世界领先。

中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)的楚亚男博士、北京大学人民医院的在读博士生何玉坤李冉博士、临汾市中心医院郭淑明院长、厦门大学医学院郑雅莉博士希望组首席生信技术官胡江为该文共同第一作者,中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)康禹研究员和北京大学人民医院高占成教授为该文共同通讯作者。本研究得到了临汾软科学研究计划、国家自然科学基金和国家重点研发计划等项目的支持。希望组为本研究提供HiFi、ONT超长、Bionano测序等服务。

据悉,样本来自一名生活在山西省一个古老村庄的健康男性,经核型检测,未见染色体结构异常。研究团队将该参考基因组命名为“T2T-YAO”,因为这个采样点位于几千年前的尧帝遗址附近,这个地区是明代洪洞移民的起点。这场迁徙持续了近半个世纪,大量移民遍布中国各地并进入东南亚。

因此,T2T-YAO基因组有望成为汉族人群的全面代表。根据祖源分析,YAO基因组的大部分来自东亚。其Y染色体单倍群鉴定为O-F2137,是中国主要的Y单倍群O-M122的主要后代群之一。

研究团队使用merqury(评估基因组质量的重要工具)来评估T2T-YAO,并分析其完整性、组装错误和单倍型之间的切换错误。其中T2T-YAO的质量值(QV)达到了参考质量的准确度,母本与父本分别达到了Q70.49Q72.28,选择父母本中QV较高的常染色体及性染色体组成一套单倍体参考基因组,其质量达到了Q74.69

研究发现,与基准基因组HG002相比,T2T-YAO表现出较少的错误重复、交换错误和较短的折叠区域,且T2T-YAO拥有更完整的rDNA(核糖体DNA)序列。与CHM13相比,YAO的单倍体间具有更多的序列共享性和更高的同一性。这意味着与汉族人群相比,不同族群之间存在更大的基因组距离。而不同单倍型间有10%的序列是独特的,代表了大部分个体间的基因组多样性。

研究团队还成功完成T2T-YAO的所有十个SAACs(近端着丝粒染色体短臂)区域,SAACs的成对比对揭示了异源染色体上几乎有相同的序列存在,形成了具有大量倒位、重复和易位的同源嵌合体,特别是在chr13、14、21和22之间。对十个SAACs区域的k-mer(一段长度为k的DNA片段)进行聚类,他们发现同源染色体的短臂显示出几乎相同的位置,但不同异源染色体的长臂彼此远离。

研究发现,YAO-Y基因结构与既往报道一致,两端包含伪常染色体区(PARs)、X转座区、扩增序列、异染色质卫星区和X简并区。扩增子存在于扩增区域,与CHM13-Y中观察到的模式相似。

综上,本研究报道了一个完整、准确的中国汉族参考基因组-T2T-YAO,揭示了汉族中国人的基因与高加索人种之间区别,能够应用在未来的医学研究和临床实践中,为精准医疗奠定了夯实的基础。

Nature Genetics封面 | 浙江大学等单位以封面论文发表栽培香蕉基因组

2023年12月11日,浙江大学农学院张亮生课题组联合福建农林大学等多家单位在国际著名期刊《Nature Genetics》上在线发表了题为“Origin and evolution of the triploid cultivated banana genome”的研究论文。2024年1月12日该论文作为封面文章正式发表。
   
福建农林大学植物保护学院李秀秀副教授、中国农科院农业基因组研究所余胜博士、中国热带农业科学院热带生物技术研究所程志号副研究员等是论文共同第一作者。浙江大学农学院张亮生教授、福建农林大学园艺学院吕培涛教授、华南农业大学群体微生物研究中心周筱帆教授、云南省种业实验室王继华研究员、福建农林大学王宗华研究员等为共同通讯作者。福建农林大学是第一单位,浙江大学是最后通讯作者单位。该研究受到国家自然科学基金、福建省高峰学科建设等项目的资助。希望组NextDenovo/NextPolish软件助力野生二倍体香蕉zebrina的高质量基因组(Zebrina v2.0)组装。

市场上90%以上栽培香蕉都属于三倍体巴西蕉(Cavendish,又称华蕉或香牙蕉)和大麦克蕉(Gros Michel)亚群。香蕉(Musa ssp)是全球进出口鲜果贸易量和交易量最大的水果,同时也是热带和亚热带发展中国家重要的粮食作物。该研究组装完成了两个广泛种植的三倍体栽培香蕉(巴西蕉,Cavendish和大麦克蕉,Gros Michel)的高质量染色体水平基因组,还组装了野生二倍体香蕉zebrina的高质量基因组(Zebrina v2.0)(图1)。明确了三倍体栽培香蕉A基因组的祖先来源,其主要来源于Musa acuminata ssp. banksii、malaccensis和zebrina等3个野生二倍体(图1)。对香蕉枯萎病菌Foc race 1和TR4抗性位点进行鉴定和挖掘,巴西蕉抗1号枯萎病可能是从野生zebrina中获得(图2)。香蕉不抗4号枯萎病可能是转座子插入导致抗病基因(RGA)不表达。鉴定了新的调控果实成熟的关键基因(MaNAP4和MaNAP5)(图3)。

图1 两个栽培种香蕉及其起源分析。

图2 巴西蕉和大麦蕉及其野生祖先种中抗1号和4号小种的抗性基因/QTL的比较分析。

图3鉴定果实成熟基因及其靶基因。

文章链接:https://www.nature.com/articles/s41588-023-01589-3

封面链接:https://www.nature.com/ng/volumes/56/issues/1

希望组助力湖北省生物信息学会—微生物信息学专委会成立大会胜利召开!

2023年10月22日,筹备已久的“微生物信息学学术会议暨湖北省生物信息学会——微生物信息学专委会成立大会”顺利在汉举办。此次大会是由湖北省生物信息学会主办,华中农业大学、华中科技大学、武汉希望组生物科技有限公司承办,在武汉光谷希尔顿酒店会议中心隆重召开,吸引了省内外共计170余人参与。本次大会开幕式由华中师范大学计算机学院院长蒋兴鹏教授主持,华中农业大学信息学院院长、湖北省生物信息学会理事长张红雨教授参加开幕式并致辞。

张红雨教授参加开幕式并致辞

经过民主表决,大会选举了宁康教授(华中科技大学)为专委会主任委员,蒋兴鹏教授(华中师范大学)、刘红利教授(华中科技大学同济医学院附属协和医院),熊杰研究员(中国科学院水生生物研究所)、郑金水(华中农业大学)、宋婕萍主任(湖北省妇幼保健院)、汪德鹏先生(武汉希望组生物科技有限公司)为副主任委员,大会同时选举产生了专委会秘书长和副秘书长各1名,以及委员17名,选举结束后由湖北省生物信息学会理事长张红雨教授和学会副理事长张晓龙教授、刘森教授和蒋兴鹏教授为以上人员颁发证书。

张红雨教授和张晓龙教授为当选人员颁发证书

在简短而隆重的开幕式后,在宁康教授的主持下,大会进入期待已久的学术报告环节。

宁康教授主持大会学术交流阶段

本次大会邀请了来自香港大学的张彤教授,华中科技大学的余龙江教授和宁康教授、陈卫华教授,武汉大学人民医院的童永清教授,华中农业大学的郑金水教授,复旦大学的吴浩教授,华中科技大学附属同济医学院同济医院陈旭勇医生、中国科学院水生生物研究所熊杰研究员,武汉希望组公司创始人兼CEO汪德鹏先生,北京热心肠研究院院长蓝灿辉先生,共计12位专家从微生物研究的各个前沿领域展开非常精彩的学术报告,并就产业应用和未来发展趋势等议题展开深入讨论。

在经过一天的热烈学术讨论和交流后,中国生物信息学会(筹)核心组专家、浙江大学陈铭教授作会议总结讲话。陈铭教授首先对本次大会的成功举办表示祝贺,对本次大会的成效和收获表示肯定,并鼓励微生物信息学专委会在未来面向社会更多的群体,开展更多的学术活动,为微生物信息学及相关学科的发展做出更大贡献!

陈铭教授作会议总结讲话

参会人员合影

与会人员表示,此次学术会议的学术报告具有跨学科、跨领域、前沿性、重转化等特性,是一场高质量的微生物研究领域的学术盛宴。
与会专家表示,近年来随着生物技术的不断发展,特别是高通量测序和质谱技术的革命性突破,以及生物信息学的快速发展,极大推动了微生物相关的科学研究。但是在微生物的多样性和功能、微生物与人类健康、微生物与环境保护、微生物与绿色农业、微生物组治疗等方面还存在很多亟待解决的问题。本次会议旨在聚焦微生物领域前沿问题,打造了很好的学术交流与合作的新平台。

希望组对参与此次微生物研究领域的学术盛宴合作感到非常荣幸。我们期待与各位专家、合作伙伴和志愿者们共同努力,推动微生物领域的创新,为人类的健康和环境保护作出更大的贡献。再次感谢所有参与此次会议的人员,以及组织者和支持单位的辛勤付出和卓越贡献!

希望组basecalling流程升级:每月2700张Cell数据处理量 一骑绝尘!

时至今日,三代长读长测序(long-read sequencing)技术在生物领域应用的如火如荼,许多专家都认可了其先进的方法和广泛的应用,《Nature Method》也将三代长读长测序评选为了2022年度最佳方法。

在整个Nanopore 单分子实时测序的流程中,basecalling(碱基识别)环节是测序流程一个重要的步骤,basecalling需要对原始测序数据进行复杂的信号处理和算法计算,这一环节的处理精度决定了测序数据的准确性,其中basecalling的不同处理模式对于计算资源的需求和产出数据的精度不尽相同(详见往期推文)

希望组一直致力于改进信号处理方法、优化算法模型,并升级硬件计算平台,以提高base calling的准确性和效率。希望组引进的100张全新GPU计算处理器(详见往期推文),通过大规模并行计算架构强有力的提升希望组计算中心的数据处理能力,为了最大程度发挥硬件平台的计算潜力,希望组重新编写了basecalling流程算法,使计算平台数据产出能力产生质的飞跃!

(注:数据产出以Nanopore Ultra-long Super basecalling计)

希望组Nanopore Ultra-long产品本就在reads长度和数据产量上遥遥领先,在结合了希望组basecalling全新流程后,更是如虎添翼,将原本需要花费1-2周的basecalling环节缩减到2-3天,为各位老师们节约大量的科研时间。

希望组作为国内首家投入三代测序的测序企业,始终致力于推动三代测序技术的不断发展。此次的basecalling流程升级将只是一个起点,希望组将不遗余力的改进测序流程、开拓分析技术、精进分析算法,为客户们带来最顶尖的科技服务产品!

如果您对我们的Nanopore测序产品感兴趣,您可以与当地的销售人员进行联系,我们将会为您提供测序服务的详细资料以及更多信息和支持。

中国首家三台Revio!希望组fastHiFi闪测7天交付,为您的基因研究加速!

希望组Revio平台极速交付

随着希望组和序祯达生物在武汉和上海合作实验室的投产,我们宣布,希望组的第三台Revio正式于上海开机投产,为全国各地的专家学者们提供更加便捷高效、精准有效的测序数据服务!

希望组始终处在测序研究领域的最前沿,以丰富的项目经验、尖端的仪器设备、诚挚的服务精神为您带来最专业的服务。希望组PacBio Revio目前实测下机的HiFi数据已经达到了400张Cell,在同类企业中遥遥领先!

希望组已经实现了稳定、精准、高通量的数据产出,三台Revio昼夜不停地产出,为各位专家老师提供最精确的基因数据,让您的项目快人一步!

Revio长读长测序平台具有超高通量,超强运算以及成本可及等诸多优势,精准解决PacBio HiFi测序通量低的难题,为群体遗传变异研究带来了福音。Revio平台的每一张高密度 SMRT Cell搭载了2500万个ZMW(零模波导孔),而一台Revio可以并行4张Cell,每天可获得 360 Gb 的 HiFi reads,相当于每年能对 1300 个人类全基因组进行测序,与PacBio Sequel IIe平台相比测序通量提升15倍!

希望组fastHiFi闪测,一周产能超过80张Cell,数据量相当于:

注:按30x测序深度计算

希望组Revio产量精准稳定

根据PacBio官方数据,Revio单Cell实测HiFi数据可达90Gb。而希望组PacBio Revio 实测数据,人类样本单Cell产出HiFi数据量达到120.33Gb,动物样本混测单Cell产出HiFi数据产量达110.93Gb,HiFi数据平均产量为105.3Gb/Cell,HiFi数据平均读长为19.1Kb!创造目前Revio亚洲产量高峰!

希望组Revio平台优质项目实测数据


希望组Revio数据产出高效稳定,在20Kb HiFi文库上的产出突破了120GB/Cell,精确度达到Q30≥90%,数据产出水平在国内测序行业内名列前茅。

希望组在三代测序领域多年的技术积累,使得我们在动植物、微生物、人类和癌症样本的高通量测序方面都具有丰富经验。同时,我们坚持技术创新,用心保障每一位客户项目的测序质量和数据产量,客户的需求就是我们努力的方向。希望组愿与广大科研工作者结成伙伴,携手在基因测序领域的最前沿耕耘!

2023 Nature Index公布:希望组再登上榜单

近日,Nature Index官网更新了最新的自然指数排名,希望组再次登上该榜,在生命科学领域大陆测序企业排行榜中名利前茅,更重要的是,FC分值相较上一年增长了228.2%(本次榜单统计自2022年1月1日至12月31日)。

2022年希望组共合作发表文章近50篇,总影响因子700+,其中包含Cell、Nature Genetics、Nature Plants、Molecular Plant、Nature Communications等高质量期刊,涵盖基因组学、转录组学、宏基因组学等研究领域。下面就让我们来回顾一下希望组2022年被收录到自然指数的几篇重要文章吧。

Nature Genetics 燕麦高质量参考基因组组装揭示其生物起源和进化
2022年7月18日,希望组与四川农业大学、吉林省白城市农业科学院等团队合作在Nature Genetics上发表了题为“Reference genome assemblies reveal the origin and evolution of allohexaploid oat”的研究论文,本研究发布了六倍体栽培裸燕麦及其二倍体和四倍体祖先的参考基因组,并进一步选择能代表燕麦属现存所有基因组类型的二倍体、四倍体和六倍体材料结合全基因组测序、叶绿体基因组和转录组分析,深入探究六倍体燕麦的起源与亚基因组进化。(燕麦高质量参考基因组组装揭示其生物起源和进化

Nature Genetics 甘蔗割手密种的近期基因组演化
2022年6月2日,希望组与福建农林大学生命科学学院国家甘蔗工程研究中心、广西甘蔗生物学重点实验室等团队合作在Nature Genetics上发表了题为“Genomic insights into the recent chromosome reduction of autopolyploid sugarcane Saccharum spontaneum”的研究论文,本研究提供了同源四倍体甘蔗割手密的基因组资源,完成了割手密Np-X(2n=4x=40)高质量同源多倍体基因组测序,完整的组装了10组同源染色体的共40条染色体基因组,提出了加速甘蔗改良的新方向,扩展了对同源多倍体进化的认识。(甘蔗割手密种的近期基因组演化

Nature Communications 羊膜选择内在遗传不稳定性来保护种系基因组的完整性
2023年2月13日,希望组与美国罗切斯特大学医学中心生物化学和生物物理学系RNA生物学中心、西北农林科技大学动物科学与技术学院等团队合作在Nature Communications上发表了题为“Amniotes co-opt intrinsic genetic instability to protect germ-line genome integrity”的研究论文,本研究通过对鸡、鸭、小鼠和人类的比较研究,以及对不同品种鸡的长读长纳米孔测序,揭示了粗线期piRNA的功能,以及其快速进化历程。(羊膜选择内在遗传不稳定性来保护种系基因组的完整性

Nature Communications 短读和长读宏基因组学扩展了肠道微生物组的个体结构变异
2022年6月8日,希望组与中国科学院微生物研究所、中国科学院大学等团队合作在Nature Communications上发表了题为“Short- and long-read metagenomics expand individualized structural variations in gut microbiomes”的研究论文,本研究建立了基于三代测序和二代测序的混合组装方式,不仅提高了数据质量,扩大了遗传变异的检测范围,也有利于原噬菌体以及CRISPR spacers等基因元件的发现。SVs调节影响宿主代谢组和健康的细菌功能,要求对细菌对人类健康和疾病的贡献进行更精细的研究,而不仅仅是关注细菌丰度。将长读长(ONT)进一步纳入肠道微生物组研究将有助于深入剖析特定时间的肠道微生物组功能,并加深研究人员对人类各种肠道疾病轴的理解。(https://baijiahao.baidu.com/s?id=1735553124836634087&wfr=spider&for=pc

PLOS Genetics 长读测序确定癌症的新结构变异
2023年2月22日,希望组与华中科技大学同济医学院等团队合作在PLOS Genetics上发表了题为“Long-read sequencing identifies novel structural variations in colorectal cancer”的研究论文,本研究提供了一个示例,说明长读长纳米孔测序在癌症基因组研究中的实用性。这项工作强调了长读长测序作为CRC精确诊断和治疗的新平台的潜力,并描绘了CRC中长读长测序检测到体细胞SVs的第一个图景,这可能是未来生物学和临床研究的有用资源。(长读测序确定癌症的新结构变异

希望组自成立以来一直深耕长读长测序技术与应用开发,凭借多年深厚的技术积累与合作伙伴的充分信任,在科研服务和医学研究等领域不断产出重大科研成果,今年6月更是实现了CNS大满贯。未来希望组将继续专注于长读长测序领域的开发与拓展,迎接新的机遇与挑战,力争与合作伙伴一起取得更好更多的科研成果,推动基因组学的研究与应用,让生命充满希望。

关于Nature Index
自然指数通过追踪机构和国家发表在82种高质量自然科学期刊上的科研论文,呈现全球高质量科研产出及合作情况。

喜讯 | 希望组医学检验实验室满分顺利通过CAP认证

近日,美国病理学家协会(College of American Pathologists,CAP)官网公布了评审结果,希望组医学检验实验室以零不符合项、满分的优异成绩顺利通过审核。此次满分通过CAP,充分证明希望组医学检验实验室优异的检测能力,同时更有力地保障了实验室高标准的检测要求!

 希望组医学实验室CAP证书

在评审过程中专家组通过对实验室现场实地考察、记录抽检、原始资料文件审核以及一对一访谈等方式,分别对实验室的质量管理体系、标准操作规程、记录控制管理、数据分析系统等进行了全面仔细的审核,专家组一致认为实验室总体符合CAP 评审的要求。

希望组医学检验实验室建立了完善的质量管理体系,始终坚持标准化、文件化,严格按照SOP要求运行体系并持续改进,同时通过质量月等方式不断提高全体员工的质量意识和安全意识,更好地保障检测结果的质量。

CAP专家组现场评审及合影留念

希望组医学检验实验室本次以“三代单分子检测DMD基因全长”项目申报CAP评审,该项目采用DMD基因全长捕获和三代单分子测序技术,整个过程包括了实验生产、三代测序、生信分析和数据解读。全流程各个环节,均满分通过。希望组医学检验实验室也是首家以三代项目通过CAP认证的实验室。

由美国病理学家协会组织的临床实验质量认证计划,在全球被公认为是行业的“金标准”,CAP是针对医学实验室开展的一项国际项目认证,也是对实验室技术管理水平的全面认可,通过该认可意味着诊断质量与水准进入国际最高水平行列,并获得国际间各相关机构认同。

希望组医学简介

希望组医学自成立以来,一直专注于三代测序平台的技术开发和应用拓展,在遗传病领域积累了丰富的临床经验,立足于临床和科研的需求,研发的一系列基于三代测序平台的基因检测项目,突破现有测序技术面临的瓶颈和挑战,切实提高遗传病诊断检出性和准确率,以完善的质量管理体系保障检测结果的准确性及稳定性,多次通过国家卫生健康委临床检验中心(NCCL)、美国病理学家协会(CAP)等权威机构组织的室间质评和能力验证项目。

希望组医学检验实验室会秉承“质量为先,标准为本,管理为要,服务为诚”的信念,保持一如既往的超高质量,并不断地探索和研究,提高技术,为客户提供更优质的服务。

第一届CGM线下沙龙在武汉成功举办

2023年7月21-22日,第一届华人基因组学沙龙线下沙龙在武汉光谷希尔顿酒店顺利召开!本次线下沙龙由CGM基因组学沙龙主办,武汉希望组生物科技有限公司、武汉迈特维尔生物科技有限公司、PacBio承办,由上海七牛信息技术有限公司、北京并行科技股份有限公司、北京投必得文化传播有限公司赞助。

华人基因组学沙龙(Chinese Genomics Meet-up,CGM)是国内外目前基因组领域活跃的在线学术交流平台,在分子生物学、遗传学、基因组学、生物信息学、生物统计学、进化生物学相关领域具有一线的关注者与开展最新的学术交流活动。作为由志愿者联合举办的非盈利的学术活动,CGM区别于大多数国内其他学术和杂志宣传平台,沙龙报告以发表文章的第一作者为视角开展交流研讨,主要对象是在读的硕士/博士、博士后、青年研究人员以及一线进行各自项目实际分析和操作的亲为者。

开幕式由CGM基因组学沙龙主席武志强、武汉希望组生物科技有限公司CEO汪德鹏分别致词并宣布第一届CGM线下沙龙正式开始!本次沙龙主题 “一起向未来”,以技术培训、学术报告等形式开展。来自佛山鲲鹏研究所、广东省农业科学院、华南农业大学、华中农业大学、南京农业大学、云南大学、中国科学院动物研究所、中国科学院遗传与发育生物学研究所、中国农科院深圳农业基因组所、中国农业科学院作物科学研究所、浙江大学等(按拼音顺序排序)的专家学者们齐聚一堂,聚焦动植物、微生物以及医学领域的多组学研究,开展为期两天的沙龙学术报告研讨。本次线下沙龙设置2个分会场,共进行技术培训和学术报告46场,现场座无虚席、学术研讨氛围浓厚。本次线下沙龙旨在促进科学工作者们之间的交流与合作,推动各学科的发展创新和转化应用。

南京农业大学程宗明教授做了题为“学术期刊助推青年学者成长”的报告。该报告从《Horticulture Research》和《Plant Phenomics》主编角度讲述了期刊如何助推青年学者成长,青年学者如何参与期刊的发展,共同建设一个健康的学术生态圈和命运共同体。

华中农业大学梁梅教授做了题为“单段种系特异的反向重复序列介导物种形成”的报告。在此报告中,梁梅教授介绍了在猴面花(沟酸浆属)中的一个物种形成位点YELLOW UPPER ( YUP ),它包含一个反向重复区域,该区域以分阶段的方式产生siRNA。虽然反向重复来源于不参与花色素形成的蛋白质编码基因的部分重复,但其中一个siRNAs靶向并抑制了花类胡萝卜素色素形成的主调控因子。YUP在沟酸浆属亚分支中作为一个”超级位点”,与控制花色其他方面的两个蛋白编码基因一起出现,并在后代物种中促进了随后的表型多样化和传粉者介导的物种形成。

武汉希望组生物科技有限公司CEO汪德鹏做了题为“从 T2T 泛基因组育种到长读长多组学”的报告。T2T 基因组组装对单个物种来说是最高标准,但对泛基因组来说是最低标准。希望组在经过杜仲、花生、玉米、小麦、落叶松、百岁兰、肺鱼、南极磷虾等几百种不同大小和难度的基因组组装项目的磨砺后,积累了深厚的经验。对于动植物来说,泛基因组的价值体现在以更全局的角度对动植物进行研究,这也是最能体现出 T2T 基因组价值的地方。如果没有 T2T 基因组为依据,各物种的基因组研究和应用是有一定局限性的。

在轻松愉快的氛围和热情互动的交流探讨中,CGM线下沙龙活动圆满结束。感谢到场的专家老师对本次技术沙龙活动的支持和关注,以及多位报告人的精彩报告。希望这一整天的思想充电,能使大家收获更多学术思路,一起为生物科学的发展添砖加瓦。

第一届CGM线下沙龙-第一轮通知

华人基因组学术沙龙(Chinese Genomics Meet-up,CGM)是国内外目前基因组领域较为活跃的在线学术交流平台,在分子生物学、遗传学、基因组学、生物信息学、生物统计学、进化生物学相关领域具有一线的关注者与最新学术交流。CGM是一群志愿者联合举办的非盈利的学术活动,区别于其他国内的各种学术和杂志宣传平台,CGM以发表文章的第一作者为视角,主要对象是在读的硕士/博士、博士后或者青年研究人员,都是第一线进行各自项目实际分析和操作的亲为者。

目前CGM已举办累计348期在线学术沙龙活动,目前国内区已形成较为稳定的基因组学相关的听众,具有一定的业界影响力。至此疫情开放后,国内相关学术成果丰硕,线下交流便利、学术氛围浓厚、交流兴趣激增。举办系列线下、线上学术分享与交流会恰逢其时。

第一届CGM线下沙龙定于2023年7月21日-22日在湖北武汉召开,将邀请国内外相关领域取得突出成果的专家学者与优秀青年进行学术报告。旨在促进科学工作者们之间的交流与合作,推动各学科的发展创新和转化应用。组委会诚挚邀请国内外同行和相关高校、科研院所研究生参加本次大会。

会议信息

会议主题:一起向未来·武汉CGM基因组学术沙龙专场
会议时间:2023年7月21日-22日
会议形式:线上线下结合(线下100-150人,线上300人)
会议地址:武汉光谷希尔顿酒店(武汉市东湖新技术开发区花山生态新城春和路9号)
主办单位:CGM基因组学术沙龙
协办单位:武汉希望组生物科技有限公司   武汉迈特维尔生物科技有限公司   PacBio
大会主席:武志强 胡冠菁 杨金良 祁新帅
组委会委员(按姓氏拼音顺序):郭士成 胡冠菁 胡海飞 侯壮伟 李方平 庞志强 祁新帅 汪德鹏 武志强 吴勇延 杨金良

会议日程

大会邀请报告人
(首字母排名,排名不分先后)

会议注册报名
线上19元/人,线下99元/人,线上注册截止日期为7月20日,7月21-22日为现场注册

线上注册地址:

(注:线下CGM会议包含午餐,住宿需自理。缴费但未能参会者,注册费不予退回,可由他人代替参会,线下仅限前100名。为鼓励研究生积极参与线下会议交流,本次会议设置研究生奖学金,参加线下会议的研究生可通过邮件申请该奖学金,接收申请邮箱:guochunyan@grandomics.com)

交通指南
武汉希望组生物科技有限公司到光谷希尔顿酒店:步行15min;
武汉天河机场到光谷希尔顿酒店:57公里,驾车约1h;
武汉站到光谷希尔顿酒店:13公里,驾车约13分钟;
汉口站到光谷希尔顿酒店:33公里,驾车约45分钟;
武昌站到光谷希尔顿酒店:33公里,驾车约42分钟。

住宿建议
希尔顿酒店800元/晚;
花山月酒店468元/晚;
斯特莱酒店440元/晚;
泊居精品酒店230元/晚;
谊尚酒店200元/晚。

招商赞助
赞助展位开放中,欢迎积极申请

会务组联系方式
王女士17835424570
郭女士18339689233
武老师13530406763

一峰更比一峰高 | Revio运行突破 100张芯片,产出再创新高!

自PacBio Revio入驻希望组科技服务实验室以来,运行平稳高效,芯片上机测序时间缩短至24h,2台Revio每天可同时运行8张芯片。目前已有100张芯片数据下机,综合现有数据来看,Revio单张芯片的产量大于100Gb的约占35%,QV值平均在Q30以上。希望组在拥有十一年长读长测序经验的基础上,将更加潜心钻研技术,努力提升服务质量,为客户挖掘最有价值的数据!

本次所展示物种包括动物、植物以及鱼类等,让我们一起来看一下部分物种的测序结果:

通过Revio下机数据统计,所有样本产量均达到90Gb以上,QV值均达到Q30以上!

此外,我们还对动物以及植物样本的平均产量进行了统计,发现动物样本的平均产量为100.81Gb,植物样本的平均产量为95.91Gb,总的来说,Revio在产量、时间、准确度等各方面均有较大提升,产量可稳定在90Gb以上,单cell产出最高纪录为118.96Gb,平均碱基质量值达Q30以上,从收样到数据交付7天即可完成,为组装和分析提供了坚实基础,利用Revio平台的优势将其应用价值发挥到极致!