官宣:AI上华为云

近期,如果在电梯里面看到下图,请不要惊讶——没错!未来组和华为云“在一起”了!如此高调的官宣,有没有打动你呢?

随着测序技术的飞速发展,测序成本的持续下降,基因组大数据时代已悄然到来。基因测序行业从原来的“测的没有算的快”,变为“算的没有测的快”。

你知道完成一个人类基因组的组装分析需要多少时间吗?

依靠现有测序技术,完成一个人的全基因组测序可能产生1.5T数据,运用传统IT计算能力针对这些数据进行组装注释分析,至少需6天时间。

华为云针对生物测序行业的特点,开创了独特的解决方案。

基因测序典型业务场景(图片来自华为云官方网站)

未来组目前配备Oxford Nanopore、PacBio Sequel、BGISEQ、BioNano光学图谱及Hi-C染色体构象捕获等技术和平台,月产出数据高达数十Tb,大规模的数据运算需求促成了未来组与华为云的紧密合作。

华为云协助未来组打通了线下数据生产平台与云端高性能计算平台之间的网络链路,使得线下产生的数据可以快速上传到云端,从而进行后续的分析。数据达到云端后,根据项目需求,在控制台申请足够规模的弹性云计算资源,快速完成项目。在这个模式下,目前已经可以实现在1天内完成一个人类全基因组的组装。

未来组目前承接了大量动植物基因组、转录组、微生物基因组及宏基因组测序分析等科研服务项目,在高性能运算集群的帮助下,未来组将进一步缩短项目服务周期,为合作伙伴提供更高效、更优质的测序组装及分析服务!

下一站南京 | 2018中国遗传学会

中国遗传学会第十届全国会员代表大会暨学术讨论会”将于2018年11月26-29日在江苏南京召开,这里是1978年中国遗传学会第一届全国会员代表大会召开的地方,这次中国遗传学会重归故地,回顾走过的40年历程并描绘中国遗传学领域的美好蓝图。

本次会议大会主题为“遗传学:继承、创新、发展”,届时将有来自全国的近千名遗传学相关领域的科研工作者欢聚一堂,投票选举出第十届理事会成员,并就遗传学领域的热点、难点和新成果、新进展展开讨论,会议设有植物遗传学、动物遗传学、人类医学遗传学、发育遗传学、遗传学教育与科普、表观遗传、微生物遗传、生物产业、青年论坛、神经遗传学、遗传咨询论坛、遗传与分子诊断以及科学道德与伦理等十三个分会场,规模浩大,盛况空前。同时,未来组&希望组CEO汪德鹏先生受邀参与生物产业分会场主题报告,将与与会专家学者交流本领域研究热点和第三代测序技术对遗传学领域的应用。

未来组&希望组诚邀您莅临A11号展位,我们将在会议上展示第三代测序技术(Oxford Nanopore和PacBio Sequel)最新的研发动态及其如何应用于分子育种、精准医疗等领域。想了解最新的三代测序技术进展么?快快参与2018中国遗传学会,我们将与您深入交流!

武汉未来组在国内率先引进三代测序平台,已搭建基于PacBio、Nanopore、BioNano光学图谱和Hi-C染色体构象捕获技术的三代测序基因组中心,解决了复杂动植物基因组、微生物基因组、全长转录组、微生物群体研究以及人类基因组变异检测等领域的技术瓶颈,并与高等院校和科研院所合作完成了数百个三代测序科研项目,在基因组学领域积累了丰富的项目经验。

会议链接:

http://gsc2018.jsgs.org.cn

欢迎莅临2018全国系统与进化植物学研讨会

中国遍布3万多种高等植物,占世界十分之一的多样性,植物之间的系统发育关系及起源演化一直都是聚焦研究者兴趣的重要课题。2018 年 11 月23-26 日,由中国植物学会系统与进化植物学专业委员会和系统与进化植物学国家重点实验室主办的全国系统与进化植物学研讨会暨第十三届青年学术研讨会将于武汉金盾大酒店召开。

本次会议主要讨论植物资源调查与分类学,植物系统发生与生物地理学,植物进化发育与基因组学和新技术、新方法展示,并借这次机会纪念已故中国植物学会系统与进化植物学专业委员钟扬。

会议旨在推动我国系统与进化植物学学科的发展,加强国内外同行在该领域的交流与合作,未来组也将在本次会议上和专家学者讨论与交流关于植物系统与进化研究的热点和新进展。

同时,未来组将展示最新的三代测序技术(Oxford Nanopore和PacBio Sequel)及其应用成果,为组学领域研究提供新思路。会议中未来组生信研发部副总胡江还将为大家带来“长读长测序技术在植物基因组中的应用”的报告,欢迎感兴趣的朋友们参加!

植物基因组比动物基因组复杂得多,其基因组普遍存在多倍性、高重复、高杂合等特点,是植物基因组测序组装的主要难点。武汉未来组基于三代测序平台(PacBio和Nanopore)、BioNano光学图谱和Hi-C染色体构象捕获技术,克服植物基因组中高杂合高重复的难点,已完成多种植物基因组及转录组测序项目,如木棉、杜仲、水稻、棉花、矮牵牛、玉米等,合作研究成果已有多篇发表于国际知名学术期刊。
欢迎莅临未来组展位
会议链接:http://www.whiob.ac.cn/xwdt/kydt/xshd/201810/t20181015_5142249.html?from=timeline

组学君邀您“协同创新,绿色发展”

由湖南省部共建淡水鱼类发育生物学国家重点实验室、湖南师范大学和中国水产学会联合主办,长沙学院水生动物营养与品质调控湖南省重点实验室,湖南省生物发育工程及新产品研发协同创新中心、国家大宗淡水鱼产业技术体系、湖南省生物研究所、湖南省水产学会、大湖水殖股份有限公司等单位协办的“动物遗传育种及健康养殖学术研讨会”将于2018年11月16-18日在湖南长沙召开,本届会议的主题是“协同创新,绿色发展”。届时,未来组将展示以Oxford Nanopore和PacBio Sequel为代表的三代测序技术最新的应用方向和研究成果。

武汉未来组在国内率先引进三代测序平台,已搭建基于PacBio、Nanopore、BioNano光学图谱和Hi-C染色体构象捕获技术的三代测序基因组中心,解决了复杂动植物基因组、微生物基因组、全长转录组、微生物群体研究以及人类基因组变异检测等领域的技术瓶颈,并与高等院校和科研院所合作完成了数百个三代测序科研项目,在基因组学领域积累了丰富的项目经验。

附:近年鱼类基因文献汇总列表
会议链接:http://ldbff.hunnu.edu.cn/news?newsid=1152

未来组荣登2018“光谷20强”

11月13日下午,由德勤中国和武汉东湖新技术开发区管理委员会共同主办的第五届光谷高科技高成长20强暨明日之星颁奖典礼成功举办,未来组位列“光谷20强”榜单!本次活动旨在发现和表彰光谷高成长、持续创新的卓越企业,未来组的入选充分肯定了我司的良好发展态势,也有助于进一步提升品牌影响力和企业竞争力。

典礼于14:30开幕,东湖高新区管委会领导和德勤武汉办公室主管合伙人等相继致辞与颁奖,未来组首席运营官李元作为三家代表企业之一发表了获奖感言,介绍了未来组的成长历程,表示未来组的迅速成长离不开武汉市政府和东湖新技术开发区提供优渥的发展环境和政策生态,更展望了东湖高新区的美好未来。

作为武汉创新前沿阵地的光谷,生物产业在五大主导产业中营收增速最快,随着营商环境和生态体系的不断完善,我司将基于不断升级的研发投入,进一步加强和完善人才队伍结构,加快新产品和服务开发的脚步,进一步扩大营销市场,创建生物测序行业国际化的新高地。

武汉未来组拥有PacBio、Oxford Nanopore、MGISEQ、BioNano光学图谱及Hi-C染色体构象捕获等技术和平台,同时在华为云、天河二号及阿里云上搭建高性能集群用于生信分析,为高等院校和科研院所提供动植物基因组、全长转录组、表观基因组、微生物基因组、宏基因组和结构变异检测等领域的科研服务,已完成了数百个三代测序科研项目,合作发表了一系列高质量的三代技术文章。未来组致力于打造世界领先的三代测序基因组中心,在承诺高标准交付指标的同时将进一步大幅压缩项目服务周期,为合作伙伴提供完善的基因测序分析服务。

基因科技造福人类|未来组诚邀您参加ICG-13

褪去炎夏炙热的南国微风煦日,婉约宜人。

10月的深圳更是一扫秋日落寞,生气勃勃,欢迎四方宾朋的到来。

2018年10月24-28日,深圳将召开第十三届国际基因组学大会(ICG-13),届时将汇聚世界各地的科坛学者共谈“基因科技造福人类”!

此次大会将展示基因组和多组学技术在探索生命核心奥秘,从多组学大数据到人工智能/智造等方向的研究体验和发展趋势,促进医学健康和农业、生态领域发展及产业化的最新成就,并且还将分享从基因组编辑到基因组编写、直至基因/细胞治疗和单细胞组学等正在改变世界的技术带来的反思和欣喜,更会盛请诺贝尔奖获得者和组学相关领域的先驱们发表演讲,超过200名专家学者获邀在大会发言,30个不同研究方向的分会场预计将有1000多位与会者共襄盛举。

未来组诚邀您莅临27号展位,我们将在会议上展示最新的三代测序技术(Oxford Nanopore和PacBio Sequel)及其应用成果。基因科技的每一小步都将汇聚千里,为造福人类尽自己的一份辛劳和奉献!

部分演讲嘉宾

会议日程

PacBio重磅!Sequel升级,“长读长”和“高准确度”兼得!

近日,PacBio公司公开发布Sequel System 6.0(V6.0 软件、配套测序试剂耗材也升级至V3.0版本),并霸气放话——Don’t compromise read length for accuracy when you can have both!在获得平均15Kb长读长的同时,还可以拥有媲美Sanger测序的准确度!

升级版性能

新版sequel 系统准确度、通量及读长均有所提升,尤其适用于全长扩增子、全长转录组及全基因组测序。

微生物宏基因组3.0

宏基因组(Metagenomics)是将环境中的真实微生物群落作为整体进行研究的新兴学科。与16S/18S/ITS群落结构分析相比,宏基因组分析不仅能够获得环境物种组成和丰度信息,还可以对微生物群体基因组成及功能、特定环境相关的代谢通路等进行全面分析,从而深入挖掘和研究具有应用价值的功能基因,探索微生物群落内部、微生物与环境间的相互关系。

传统的二代测序因为读长过短而无法真正解读菌群的复杂情况,例如与菌群生存活动相关的重要功能基因研究等,信息往往是碎片化的。基于PacBio SMRT测序的宏基因组3.0能够很好地解决这个问题,更加真实地反映菌群组成,功能基因的研究也变得更为简便。

Fig.1 二代宏基因组(A)与三代宏基因组(B)组装情况比较

为什么选择宏基因组3.0

读长长

PacBio测序产生的高质量的CCS Reads,能覆盖到绝大多数微生物的功能基因以及功能基因特异性区域;

直观反映群落组成和群落功能

二代序列太短,必须经过拼接才能进行注释,而且测序具有严重的偏向性。三代测序的CCS序列足够长,可以直接进行注释,能够真实反应菌群以及功能基因情况;

高丰度菌株基因组完成图

对于样品中的高丰度菌株,可组装出完成图

选择宏基因组3.0,你可以得到

Fig.2 基于组内物种注释结果的GraPhlAn 物种树

Fig.3 (A) Contig Binning整合散点图; (B)基于Contig Binning结果优化的Meta Assembly基因组近完成图

未来组再破纪录!ONT细菌混测数据惊艳亮相

未来组11个细菌Nanopore混测数据惊艳亮相

三代测序平台一个cell动辄几十上百Gb的数据产出,可是细菌基因组那么小,不需要那么多数据,怎么办?

给多个细菌样本分别添加barcode序列,同时配合Nanopore长读长测序技术,可通过一次测序获得多个细菌的基因组序列,在保证质量、效率的同时大大降低测序成本!

Fig.1 Nanopore barcode 测序流程

那么多细菌数据搅和在一起,不会搞混吗?还是不用担心,经过未来组研发团队的不懈努力,基于Nanopore PromethION平台的细菌混测研发取得了骄人成绩——单个flowcell混测11个细菌,总产出数据量达97Gb,barcode 拆分效率将近90%!

与此前曾发表的细菌Nanopore混测研究只有65.5%的拆分率相比,我们的总产出及拆分率均大大提升!(友情链接:Nanopore混测1cell,一次性解决12个细菌完成图

Fig.211个细菌混测拆分统计

Table 1 11个细菌Nanopore混测数据展示

平均每个细菌数据量均超过了5Gb,且Reads N50值甚至超越了24Kb,无论是测序深度还是读长都为后续的细菌基因组完成图打下了坚实的基础!

Fig.3 细菌基因组圈图示例

由外到内依次为编码基因(正义链)、编码基因(负义链)、tRNA(橙色)和rRNA(紫色)、CRISPR(蓝色)和基因岛(绿色)、GC比、GC-skew、测序深度。

基因组学盛会开幕,未来组诚邀您加入

秋收十月,瓜果飘香,在基因组学领域耕作了一年的学者们也到了分享累累硕果的时节!

可可、咖啡和茶是享誉世界的三大无酒精饮品,几乎俘获了所有文化背景的人群,还催生出专门讨论它们的国际学术会议!这不,“第一届可可、咖啡和茶(亚洲)国际学术大会”(First International Congress on Cocoa Coffee and Tea Asia)即将于2018年10月17-20日在合肥拉开帷幕,想参加了吗?说不定还可以品尝到这些饮品呢!

本次会议是“国际可可咖啡茶大会”组委会首次授权在亚洲举办,并确定会议交流内容以茶叶相关研究为主。会议交流的主要议题为:三大饮料作物的生理生态与种质创新、次生代谢与品质化学、健康功能及作用机制和质量安全与加工利用。

本次国际学术大会将为国际上与茶、咖啡和可可密切相关的科学家们提供重要学术交流机会和报告最先进的科学成果,并促进世界上三大饮料在科学研究与技术研发上的交叉融合,让我们拭目以待吧!

同时,为了展示我国植物生物学研究的最新成果和进展,促进植物科学发展、助力乡村振兴,加强相关领域科研人员之间的交流与合作等,中国作物学会、中国植物学会、中国植物生理与植物分子生物学学会、中国遗传学会、中国细胞生物学学会联合举办“2018全国植物生物学大会”。大会定于2018年10月18日-22日在山东泰安召开,将邀请国内植物生物学相关领域取得突出成果并具有重要学术影响的专家学者以及优秀青年科学家进行学术报告,欢迎感兴趣的小伙伴们赴会!

植物基因组往往因其古老的起源、复杂的演化史而对研究造成颇多障碍,尤其是复杂倍性、杂合度的作物更让研究者望而生畏。武汉未来组基于三代测序平台(PacBio和Nanopore)、BioNano光学图谱和Hi-C染色体构象捕获技术,并搭载天河II号、阿里云和华为云等服务器,已完成多种植物基因组及转录组测序项目,如玉米、木棉、水稻、棉花、杜仲、矮牵牛等,合作研究成果已有多篇发表于国际知名学术期刊。

组学君诚邀您莅临未来组展位,未来组将为您展示最新的三代测序技术及其应用成果,为组学领域研究提供新思路!

第一届可可、咖啡、茶(亚洲)国际学术大http://cocotea-asia2018.csp.escience.cn/dct/page/1

2018全国植物生物学大会http://www.ncpb.net/2018/index.php/News/show/id/36.html

热烈祝贺第十九届全国植物基因组学大会圆满落幕

成都,八月,火热的季节,一场学术界的盛会在万众期盼中拉开帷幕,又在热烈的掌声中迎来尾声——2018年8月22日,由中国遗传学会植物遗传与基因组学专业委员会主办,四川农业大学和中国科学院遗传与发育生物学研究所承办、武汉未来组参与赞助的第十九届全国植物基因组学大会圆满闭幕,会议历时3天,涵盖了最新植物功能基因组、蛋白组学、代谢组学、表观基因组及转基因组等技术最新进展,会议吸引了众多来自国内外植物基因组学领域有突出贡献的专家与学者,大牛云集,盛况空前。

会议现场,未来组向与会专家和学者展示了最新的三代测序技术研发及应用成果。未来组在多种复杂植物基因组测序组装中的项目经验不断吸引研究学者驻足咨询,咨询物种小到微藻,大到复杂的林木类,咨询内容从最初的样品采集及DNA提取,到项目中的生信分析细节,未来组的工作人员都进行了全方位的解答,获得了与会老师对未来组的认可。

 

与会老师和未来组工作人员亲切交谈

植物基因组比动物基因组复杂得多,其基因组普遍存在多倍性、高重复、高杂合等特点,是植物基因组测序组装的主要难点。武汉未来组基于三代测序平台(PacBio和Nanopore)、BioNano光学图谱和Hi-C染色体构象捕获技术,克服植物基因组中高杂合高重复的难点,已完成多种植物基因组及转录组测序项目,如木棉、杜仲、水稻、棉花、矮牵牛、玉米等,合作研究成果已有多篇发表于国际知名学术期刊。