希望组联合华为云推出的NextDenovo基因组云组装平台上线啦!

喜大普奔,奔走相告,NextDenovo云组装平台上线啦!

对基因组组装了解的童鞋应该都避不开NextDenovo,NextDenovo软件是专用于基因组三代测序数据组装的软件,不但解决了现有三代测序数据组装工具资源占用大、运行时间长、组装质量不稳定的瓶颈,还实现了单Contig一条染色体和超大型基因组组装的突破,为利用三代数据组装基因组扫清了组装算法的障碍。

如何组装好基因组是三代基因组领域的一个基础问题。目前,受限于组装软件的选取和服务器资源的限制,三代基因组组装大部分依赖于服务公司的服务,而越来越多有一定生信基础的老师和同学们有着自己做组装的需求。因此,希望组联合华为云于近日推出了NextDenovo组装软件云上服务,欢迎各位老师同学选购使用!

操作流程

1.使用入口

NextDenovo云组装平台

网址:http://hanwell.grandomics.com

入口简洁,只需输入账号和密码即可进行云服务。账号密码可通过邮件或者联系希望组当地销售人员注册 Hanwell云账号获取。

2.流程展示
进入我的工作台,目前流程里面有希望组发布的生物信息分析流程。目前有NextDenovo(V 2.3)、Nextpolish和SV &methylation 分析流程。
3.选择流程
进行基因组组装,只需要轻松选择NextDenovo,点击开始分析,即可轻松进入组装流程。
4.调整参数
NextDenovo 自带一个测试数据,可以进行体验。如需要组装自己的测序数据,需要输入华为云obs 上三代基因组数据,input 参数如下所示:

reads(华为云obs 路径)

输出路径(可开通sfs 存储)

其他参数和NextDenovo 官网参数一致,详细参数意义可以参考Github 官方文档(https://github.com/Nextomics/NextDenovo)。

5.状态查看
参数设置完成了,只需一键提交,程序就会自动在华为云上进行运算,整个过程可视化显示,可以在我的结果里面查看运行状态和相关时间等等。 NextDenovo 在计算过程中遇到问题,可联系希望组售后进行技术支持。
6.资源消耗
每个项目对应各自的运行记录,可轻松点击查看项目运行情况,项目完成任务数,每个任务消耗的CPU机时等都被一一记录,消费情况一目了然。
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