Nanopore长读长测序让基因组组装更连续，小丑鱼Nanopore和Illmina混合组装基因组发表

小丑鱼主要栖息于泻湖及珊瑚礁区，与海葵有着密不可分的共生关系，因此又称海葵鱼。小丑鱼雌雄同体及与海葵互利共生的特性，吸引了研究人员广泛的关注。2018年1月在GigaScience发表了关于澳洲小丑鱼（Amphiprion ocellaris）的第一个利用Nanopore和Illumina混合组装基因组文章。研究结果显示，Nanopore数据的引入能明显增强基因组组装的连续性和完整度。

小丑鱼基因组大小预估为791 Mb ~ 967 Mb，杂合度在0.6%，这些特性都是构建参考基因组过程中需要面临的困难。

基因组测序、组装、注释

利用Illumina和Nanopore杂合组装，测序深度分别为54×和11×，组装基因组大小为880Mb，经过BUSCO评估基因组完整度为96.3%（辐鳍鱼纲）。Scaffold N50从Illumina数据单独组装时的21kb提升到401kb（混合组装），并且增加了组装基因组16%的完整度。

Table 1. 小丑鱼基因组组装

与性别分化相关基因cyp19a1a的鉴定

在小丑鱼基因组中，对已有文献支持的性别分化相关基因cyp19a1a进行鉴定。将已发表的小丑鱼转录组数据（雌，雄）比对到本研究组装出小丑鱼基因组，发现小丑鱼的cyp19a1a 基因能被Nanopore数据连续覆盖。在混合组装中，该基因位于一个429Kb长的scaffold上；而在Illumina单独组装中，该基因零散地分布在3个短scaffolds上，未被完整组装出。这说明，Nanopore长读长数据的引入，有助于准确还原基因结构，利于基因注释。

Figure 1.组装基因组的基因区域、涵盖该基因的组装scaffold、基因组测序reads、

  转录组测序reads，对性别分化相关基因cyp19a1a的覆盖/mapping 

本文发表了小丑鱼的第一个混合组装基因组，发现即便是低深度(11×)Nanoppore测序，都能显著提升基因组组装的连续度和完整性。

参考文献：

Tan, Mun Hua, et al. “Finding Nemo: Hybrid assembly with Oxford Nanopore and Illumina reads greatly improves the Clownfish (Amphiprion ocellaris) genome assembly.” GigaScience (2018).