植物单cell N50 143kb!希望组Super Ultra Long硬核实力,您还等什么?

继8月底宣布单Cell reads N50突破100Kb后,希望组ONT Ultra-long测序再传捷报,某单子叶植物超长测序数据产出超过1200Gb,平均读长N50达51.9Kb,单cell最高产出58.9Gb,最长reads N50达143.3Kb!这标志着希望组ONT Ultra-long测序已经能够稳定产出高质量的超长片段!

某单子叶植物ONT Ultra-long测序单Cell产量超过10G,Reads N50达143.3Kb,长度100Kb以上的reads占总数据量的65.3%,长度200Kb以上的reads占总数据量的28.1%!

图2 某单子叶植物单Cell 超长测序读长分布

希望组自2017年推出ONT超长测序服务以来,现已完成昆虫、两栖动物、鱼类、鸟类、哺乳动物、多倍体植物、药用植物等数百个物种的ONT Ultra-long测序工作,并且多个物种测序单Cell read N50突破100Kb!

采用ONT Ultra-long reads组装基因组的优势

牛津纳米孔测序平台独有的Ultra-long测序能够产生超长测序片段,轻松跨越基因组中连续重复或大片段重复区域,更大限度地还原真实的基因组景观。

轻松跨越重复区域

对于基因组中“暗区”,二代测序小短腿直接掉入深渊,三代测序小心翼翼能够跨过,而Ultra-Long Reads能够轻松跨越连续重复区域,提供更多的序列信息,更便于组装过程重复片段划分。

显著提升组装质量

在基因组组装过程中可以通过增加读长获得理想组装质量[1],加入Ultra-Long Reads数据可以显著提升人类基因组组装效果,填补基因组中的缺口,甚至组装出端粒到端粒水平的完整染色体[2]

节约组装成本

相同测序深度下采用Ultra-Long的建库测序方法,产生用于组装超大型基因组的read数更少,降低了组装复杂度,减少了计算资源的使用,能够节省一定的组装成本。

Nanopore Ultra-long 超长读长的 Reads N50 相比 Normal long 有成倍的提升,在基因组组装过程中加入适量 Ultra-long 数据,可有效提升基因组组装质量。高杂合、高重复基因组采用纯 Ultra-long 数据进行基因组组装,能够达到较好的组装质量。

希望组ONT Ultra-Long组装案例

希望组三代测序组装采用PromethION 48+Ultra-long+Next系列组装软件+Bionano&Hi-C的最新策略,结合华为云将纳米孔测序数据分析流程整合到云计算平台上,实现急速基因组组装与注释,为全球客户提供快速、高效的纳米孔长读长测序计算和存储服务!希望组三代测序,技术顶尖,算法领先,服务全面,为您的科研之路保驾护航!

[1]  Henson J, Tischler G, Ning Z. Next-generationsequencing and large genome assemblies[J]. Pharmacogenomics, 2012, 13(8):901-915.

[2] Jain M, Koren S, Miga K H, et al. Nanoporesequencing and assembly of a human genome with ultra-long reads[J]. NatureBiotechnology, 2018, 36(4).

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