Next系列软件应用 | NextDenovo软件脱颖而出，助力家蚕T2T基因组组装

图3 测序深度对基因组组装影响

与CLR和ONT相比，HiFi组装的基因组连续性和完整性明显优于CLR和ONT。HiFi基因组组装的大小、连续性和完整性没有显著差异。最大的差异体现在contig数上，hifiasm组装的contig数目比HiCanu组装的少的多(图3)。与ONT和CLR相比，HiFi组装包含最少的结构误差和小规模误差(图2)。与其他两种测序方法相比，HiFi组装显示出最佳的组装质量、最低的contig、最高的连续性、准确性和完成度。它还需要最少的时间和计算机内存，可以被认为是未来鳞翅目害虫基因组的最佳测序方法。

作者使用3D-DNA在染色体水平上构建基因组，为每种测序方法选择了最佳的基因组组装。使用默认参数，3D-DNA实现了大多数染色体的聚类。然而，仍然存在一些染色体聚类错误和contig易位和反转，这些都是使用Hi-C图识别的。然后，作者设计了基于EagleC的染色体水平基因组组装质量评估标准。这可以快速准确地识别组织错误，并能够以表格的形式报告基因组组装中的错配百分比，以便于纠正这些组装错误（图4c）。根据EagleC的建议，完成了基因组组装的调整，并使用Racon进行了纠错，使用TGS GapCloser进行了补洞。最后，使用五个碱基端粒重复序列（’TTAG’）作为序列查询，鉴定到了50个端粒，并构建了28个假染色体用于家蚕（P50T HiFi）基因组（图4a，c）。根据EagleC的报告，这些差异区域是由几个Mb级组装错误造成的，例如Chr24（图4e）。P50T SilkBase组装中的组装错误也通过5个蚕基因组组装的Chr19平行图得到证实（图4d）。尽管CLR和ONT的基因组组装质量不如HiFi，但在使用EagleC和3D-DNA（基于Hi-C）处理后，两者都完成了非常高的连续和完整的染色体水平基因组组装（图4b）。

图4 不同家蚕品系染色体水平基因组组装总结