Plant Journal| 如何通过全长转录组发表一区文章？异源多倍体应用实例

1    特征数据统计

三代数据共得到1161468个ROI，其中72.2%是全长非嵌合序列。47%的全长序列唯一比对到基因组，三代测到的转录本平均长度为2487 bp，明显长于基因组上已有注释的转录本平均长度。矫正后，单碱基错误率降至 1.50%( 0.26% insertions, 0.27% deletions and 0.97% mismatches)，校正后，BUSCO比对的完整性提升到83%。

图1  转录本平均长度

2    已有数据横向比较

将Ensembl Plants Database中已有的cDNA序列与本次测得序列比较，数据库中的26346个序列与PacBio测得的63714个序列匹配上，且PacBio测到的全长cDNA更长。将非冗余的147698个转录本和之前已经测序的Darmor-bzh进行比较，发现有142476个转录本能够覆盖到37403个基因位点，其中31392个基因位点是多外显子基因。未比对上这个基因组的5222个转录本中，有4947个转录本可以比对到近源物种（拟南芥，白菜，甘蓝），这表明有些转录本可能是栽培种ZS11特有的。

3    可变剪接

共检测到222061个可变剪接事件，来自15068个基因位点，主要是内含子保留（IR)，其中128967个转录本是现有基因组上未注释到的。统计显示，20230个多外显子基因有用多个剪接异构体，其中5761个基因能够产生5种以上异构体。比如，BnaC01g03120D在基因组注释上仅有1个转录本，但是PacBio测到了14个不同的剪接异构体。另外发现，可变剪接在An亚基因组中更为普遍。