2018 PAG会议即将拉开帷幕,未来组为你导航

2018年1月13日-17日第26届国际动植物基因组学大会(Plant & Animal Genome Conference, PAG)在美国加州圣地亚哥Town & Country Hotel会议中心举行。欢迎莅临未来组展位424,共同探讨动植物基因组学新成果和进展。

高质量的参考基因组是深入进行物种起源进化和基因功能研究的前提,未来组精选本次会在PAG会议上呈现的基因组研究进展。

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研究人员使用Nanopore结合Illumina的方式,对美国加州红木(六倍体,基因组大小~31Gb)、巨杉(二倍体,基因组大小~9Gb)进行了全基因组测序和组装,读长超过100Kb,以帮助保护和修复加州现存的红木林。Nanopore测序平台的高通量、超长读长为大基因组的测序提供了便捷。Workshop:Forest Tree,W421。

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加州大学等单位的研究人员利用PacBio和Illumina测序平台对粳稻Kitaake(生命周期只有九周,一年四熟)进行了基因组组装(382 Mb)和注释,并和日本晴之间进行了比较基因组学研究。Kitaake基因组和之前建立的突变种群全基因组测序数据为水稻功能基因组学提供了强大的资源。Workshop: Rice Functional Genomics,W887。

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国际小麦基因组测序联盟等单位将报道对异源六倍体小麦进行的染色体级别组装(scaffold N50为23 Mb)。构建一个物种的参考基因组,为后续进一步研究遗传和育种提供基础。Workshop: International Wheat Genome Sequencing Consortium (IWGSC),W627。

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中国农业科学院棉花所的研究人员将带去异源四倍体棉花基因组组装(PacBio+Hi-c)、全长转录组和棉花群体重测序研究进展。基于SNP构建的进化树和群体结构分析,揭示亚洲棉起源于华南,随后扩散到长江和黄河流域。Workshop: International Cotton Genome Initiative (ICGI),W600。

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加州大学等单位的研究人员对赤霞葡萄进行了147×PacBio测序,通过FALCON-unzip组装,得到Contig N50=2.17Mb。加上BioNano和Hi-C,进一步对葡萄基因组进项染色体级别的组装,Scaffold N50=16.5Mb。随后进行了等位基因phasing,完成了二倍体型葡萄基因组的组装,还通过全长转录组数据完善了基因组注释。 Workshop: Grape Genome Initiative,W568。

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贝勒医学院等单位的研究人员将报告高质量的2.87Gb的羊参考基因组,他们利用200Gb PacBio测序数据,结合Illumina纠错,组装出contig N50为2.6 Mb。碱基错误率<1%,98%ESTs能比对到基因组。Workshop:Cattle/Sheep/Goat 1,W152

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研究人员利用PacBio+Hi-C+Chicago对水牛(Bubalus bubalis)基因组进行了组装,Scaffold N50为117Mb,优于以往Illumina和454的结果。获得水牛高质量的参考基因组,有利于更好地研究反刍动物。Workshop:Buffalo genomics,W118。

高质量的参考基因组是深入进行物种起源进化和基因功能研究的前提,未来组携先进的Oxford Nanopore及PacBio Sequel测序仪,搭载超算集群,配合BioNano光学图谱和HI-C染色体构象捕获技术,为研究人员提供高准确度、高连续性的高质量基因组测序组装服务。

欢迎莅临PAG会议未来组展台424,探讨行业的交付指标和极速周期,未来组为您的科学问题提供定制化的多组学解决方案!

会议内容缤彩纷呈,包罗万象,更多详情请访问PAG官网。http://www.intlpag.org/2018/

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