全面升级!未来组PacBio 宏基因组V3.0震撼来袭!

比起其它的地球生命体,人类对微生物的了解可谓“冰山一角”。宏基因组学作为新型研究工具,可以完整获得环境样本中全部微生物的物种信息和功能基因信息。但是,二代短reads 高通量测序很难有效获得微生物群落各方面的特性。基于单分子实时测序(SMRT)技术的PacBio 平台全面升级以后,序列长度、单cell 产出以及CCS reads 准确度明显提升,使在种甚至亚种水平深入解析物种组成、基因和功能注释、比较基因组分析、进化分析等成为可能,进而从根本上阐明微生物群落在生态系统中发挥作用的机制。未来组紧跟PacBio官方升级脚步,PacBio宏基因组测序项目也迎来了全面升级。

全面升级

系统升级
Sequel 系统软件升级至V6.0,配套试剂升级至V3.0
更长读长,平均读长达到30-40Kb
更高产出,单Cell 产出25-40Gb
更高准确度,CCS reads 准确度达99.999%

指标升级
直观反映群落组成和群落功能
高丰度菌株基因组完成图
DNA 甲基化修饰分析

服务升级
极速服务周期,从样品到标准分析报告仅需4周

研究策略

技术路线

未来组宏基因组数据展示

Chemistry V2.1 vs V3.0
与V2.1 试剂相比,V3.0 试剂下机有效CCS reads、单个cell 产出及高质量CCS 序列数量都明显增加。

NGS vs PacBio
Mock metagenomic sample ——20 株菌,总共基因组大小61,499,437bp

部分分析数据展示
某肠道微生物样本,基于Q20 以上的CCS 序列进行宏基因组组装:

基于有参分Bin 及无参分Bin 分别获得7 个和9 个单菌基因组草图,最高完整度分别高达98.29% 和95.82%。以Bin13 为例,进行DNA 甲基化修饰分析,统计结果如Table 2 所示。

分析图例展示

微生物是世界上存在范围最广泛的生物,从与人类生存息息相关的陆地、空气、水体,到特殊的极寒极热地区,再到工业生产、昆虫肠道、植物根际,以及人类皮肤、肠道等等,尚有许多关于微生物与环境互作的秘密等待人类去探索。未来组应用第三代长读长PacBio测序技术,将为您展示最全面最直观的微观世界全景图。还等什么,抓紧时间联系我们吧!

延伸阅读:
讲真,DNA甲基化多样性还需长读长技术来搞定

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