【中国首次Nanopore Day】丨纳米孔测序大门为您打开

Oxford Nanopore官方计划在3月下旬在中国举办的首次Nanopore Day系列活动，未来组在此诚挚邀请您共同参加。

该系列活动由三场研讨会组成，跨越7天，分别在北京，上海和广州三地举办。每场研讨会为期一天，交流形式包括且不限于：

• 分享经验
• 介绍数据和网络
• 参与实际示范

现场除了Oxford Nanopore的员工会为您解答问题，未来组也将与您分享Nanopore组装经验、研发和应用进展。

在Nanopore Day北京会场（3月22日）与上海会场（3月26日），中国三代测序第一人–未来组&希望组CEO汪德鹏将与您分享我们基于Nanopore 技术在科研服务领域和医学应用方向的研究进展与展望。

关于Oxford Nanopore测序

原理简介

（a）motor蛋白牵引DNA至nanopore并解链

（b）DNA的单链通过纳米孔的时候，会对离子的流动造成阻碍。

（c）不同的碱基所造成电流大小的波动，就被记录下来。

应用

随着Nanopore技术的应用日渐成熟，通量和准确率得到极大提升，不断有研究者通过Nanopore数据进行从模式生物到更大基因组的组装，例如1 flowcell测拟南芥基因组^[1]；1 flowcell测果蝇基因组^[2]；~1Gb野生番茄基因组^[3]和~3Gb人类基因组^[4]等等。

近期Nanopore组装动植物基因组盘点

不得不提其中在Nature Biotechnology 上发表的Nanopore超长读长组装人类基因组的研究论文，通过低覆盖深度测序（~30×普通nanopore reads+ ~5× ultra-long reads）即能将基因组Contig N50组装到6.4Mb，填补了参考基因组（GRCh38）中12个gap，是来自单一测序手段得到的迄今最连续的人类的基因组。

Nature Biotechnology丨Nanopore测序组装人类基因组

Nanopore技术不仅通过ultra-long reads 在基因组组装方面有优异的表现，还有另外一个全新突破：Direct RNA测序[5]。不经反转、无须扩增的RNA直接测序能获得全长的链特异性RNA，无测序偏好性，并同时记录碱基修饰，为后续研究基因结构和基因表达，提供新技术新方法。论文也以封面文章形式于2018年2月发表于Nature methods。

Nature methods丨基于Nanopore的direct RNA测序方法测评

未来组自2017年9月开始逐步搭建Nanopore测序平台，于2018年1月17日通过Oxford Nanopore Technologies Limited（牛津纳米孔技术有限公司，ONT）官方认证，获得Nanopore DNA测序认证服务供应商资质。

未来组迄今已完成数十个Nanopore动植物基因组测序组装，“百个Nanopore基因组计划”正如火如荼地进行；后续会陆续购入通量更高的PromethION测序仪，并与牛津纳米孔公司携手推出“1000个中国人基因组结构变异检测计划”，共同开发在生命科学领域的应用。

参考文献

[1] MICHAEL,Todd P., et al. High contiguity Arabidopsis thaliana genome assembly with a single nanopore flow cell. Nature Communications, 2018, 9.1: 541.

[2] MILLER,Danny E., et al. High-quality genome assemblies of 15 Drosophila species generated using Nanopore sequencing.bioRxiv,2018, 267393.

[3] SCHMIDT,Maximilian H.-W., et al. De novo assembly of a new Solanum pennellii accession using nanopore sequencing. The Plant Cell, 2017, 29.10: 2336-2348.

[4] Jain M,Koren S, Miga KH, etal. Nanopore sequencing and assembly of a human genome with ultra-long reads.Nature Biotechnology, 2018

[5] Garalde D R, Snell E A, Jachimowicz D, et al. Highly parallel direct RNA sequencing on an array of nanopores.Nature Methods,2018.

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